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1 生命的蓝图1

基因和基因组1

DNA和蛋白质2

中心法则6

RNA世界10

细胞11

分子生物学技术的发展13

人类基因组计划17

生物还原论21

后基因组时代信息学的重大挑战23

生命的遗传和化学蓝图25

2 分子生物学数据库27

2．1 历史背景27

分子生物学数据库的演变史27

文献索引数据库30

氨基酸序列数据库31

三维结构数据库32

核酸序列数据库33

平面文件格式35

基因组数据库39

2．2信息学技术41

关系数据库41

演绎数据库44

面向对象数据库46

基于链接的集成49

知识库50

WWW环球网52

计算机图形学53

2．3新一代分子生物学数据库55

元素和化合物55

氨基酸索引57

蛋白家族和序列模体60

蛋白质三维结构的分类61

直系同源和旁系同源64

反应和相互作用66

生化途径67

基因组多样化69

3 核酸和蛋白质的序列分析71

3．1 同源性搜索71

序列分析中的难点71

动态规划74

全局比对76

局部比对78

数据库搜索80

FASTA算法81

BLAST算法83

统计置信度85

多序列比对86

系统发生树分析88

模拟退火90

遗传算法91

3．2结构和功能预测93

热动力学原理93

RNA二级结构的预测94

Hopfield神经网络96

蛋白质二级结构的预测97

跨膜片段的预测99

级联神经网络101

隐Markov模型103

形式语法105

蛋白质三维结构的预测106

基因发现和功能预测108

蛋白质分选预测的专家系统110

4 分子相互作用的网络分析113

4．1网络表示和计算113

抽象的层面113

分子网络114

图116

共同子图117

启发式网络比较120

路径计算122

二元关系和演绎124

应用127

4．2 生物化学网络原理131

代谢网络131

基因组视角134

蛋白质相互作用的网络137

基因调控网络139

网络原理140

复杂系统142

附录 计算分子生物学方法——参考书目145

1 序列分析I 序列比对145

1．1 两两序列比对145

1．2 数据库搜索146

1．3 多序列比对147

1．4 RNA二级结构预测149

2序列分析Ⅱ 序列特征150

2．1蛋白质二级结构预测150

2．2 蛋白质家族和序列模体152

2．3 功能预测153

2．4 发现基因155

3 结构分析156

3．1蛋白质结构比较156

3．2 蛋白质三维结构预测157

3．3 RNA三维结构模型158

4 网络分析159

4．1 基因组分析159

4．2 代谢途径分析160