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第1章 绪论1

1.1 生物信息学的概念及研究对象1

1.2 生物信息学的研究内容1

1.3 生物信息学的应用3

本章小结3

思考题3

推荐阅读书目4

第2章 生物信息学相关的生物学基础5

2.1 核酸化学5

2.1.1 概述5

2.1.2 核酸的化学组成6

2.1.3 核酸的分子结构7

2.2 蛋白质化学11

2.2.1 概述11

2.2.2 蛋白质的化学组成12

2.2.3 蛋白质的结构单位——氨基酸12

2.2.4 蛋白质的结构16

2.2.5 蛋白质的变性与复性20

本章小结20

思考题21

推荐阅读书目21

第3章 生物信息学数据库22

3.1 生物信息数据库的发展简史22

3.2 核酸序列数据库25

3.2.1 GenBank数据库26

3.2.2 EMBL数据库33

3.2.3 DDBJ数据库34

3.3 蛋白质序列数据库34

3.3.1 PIR数据库35

3.3.2 UniProt数据库36

3.4 生物大分子结构数据库39

3.4.1 PDB39

3.4.2 MMDB40

3.4.3 SWISS-MODEL40

3.5 其他生物分子数据库41

3.5.1 dbSNP41

3.5.2 NONCODE41

3.5.3 miRBase42

3.5.4 Ensembl42

3.5.5 UCSC Genome Browser43

3.5.6 ExPASy43

本章小结43

思考题44

推荐阅读书目44

第4章 数据库查询45

4.1 NCBI数据库查询系统Entrez45

4.1.1 NCBI简介45

4.1.2 NCBI数据库45

4.1.3 Entrez简介51

4.1.4 Entrez查询52

4.2 EBI数据库查询系统SRS64

4.2.1 EBI简介64

4.2.2 EBI数据库65

4.2.3 SRS简介65

4.2.4 SRS查询67

本章小结72

思考题72

推荐阅读书目72

第5章 序列比对与数据库相似性搜索73

5.1 概述73

5.1.1 序列比对的概念73

5.1.2 序列比对的主要用途74

5.2 序列比对的打分系统74

5.2.1 替换矩阵75

5.2.2 空位罚分76

5.3 序列比对的算法77

5.3.1 双序列比对算法78

5.3.2 多序列比对算法80

5.4 双序列比对及基本操作80

5.4.1 双序列比对简介80

5.4.2 双序列比对工具80

5.4.3 双序列比对工具的使用81

5.5 多序列比对及基本操作87

5.5.1 多序列比对简介87

5.5.2 多序列比对工具88

5.5.3 多序列比对工具——Clustal软件的使用88

5.6 数据库相似性搜索——BLAST101

5.6.1 BLAST概述101

5.6.2 BLAST搜索工具102

5.6.3 BLAST搜索数据库104

5.6.4 BLAST搜索步骤105

5.6.5 BLAST搜索实例分析108

本章小结111

思考题111

推荐阅读书目111

第6章 DNA序列分析112

6.1 核酸序列组成成分分析112

6.2 限制性内切酶酶切位点分析114

6.3 重复序列分析120

6.4 基因结构分析125

6.4.1 开放阅读框的识别125

6.4.2 启动子及转录因子结合位点分析131

6.4.3 CpG岛136

6.4.4 转录终止位点分析139

6.5 序列同源性分析140

本章小结144

思考题144

推荐阅读书目144

第7章 蛋白质序列分析145

7.1 蛋白质一级结构分析145

7.2 蛋白质二级结构分析148

7.3 蛋白质三级结构分析150

7.4 蛋白质功能预测154

本章小结154

思考题154

推荐阅读书目154

第8章 生物信息学软件及其使用155

8.1 引物设计软件155

8.2 综合序列分析软件159

8.2.1 建立新序列159

8.2.2 PCR引物设计163

8.2.3 ORF分析164

8.2.4 序列翻译165

8.2.5 限制性内切酶分析166

8.2.6 序列比对分析167

8.2.7 蛋白质基本组成分析170

本章小结171

思考题171

推荐阅读书目172

第9章 文献信息检索173

9.1 学术搜索引擎173

9.1.1 Google Scholar173

9.1.2 SCIRUS174

9.2 文摘数据库检索177

9.2.1 NCBI-PubMed177

9.2.2 BIOSIS Previews189

9.2.3 国际三大农业文摘数据库192

9.3 全文数据库检索193

9.3.1 综合类全文数据库194

9.3.2 期刊全文数据库198

9.3.3 维普期刊全文数据库203

9.3.4 学位论文全文数据库204

9.4 引文数据库检索205

9.4.1 数据库组成205

9.4.2 检索方式206

9.4.3 文献管理与分析功能210

本章小结211

思考题212

推荐阅读书目212

第10章 Endnote X4参考文献管理软件213

10.1 Endnote X4的主要功能213

10.2 EndnoteX4数据库的建立213

10.2.1 Endnote X4主程序简介213

10.2.2 文献资料库的建立214

10.2.3 将文献信息导入Endnote文献库216

10.3 Endnote数据库的管理219

10.3.1 文献库显示方式的更改219

10.3.2 更改文献排列顺序219

10.4 Endnote数据库的应用220

10.4.1 在Microsoft Word2003中使用Endnote编辑制作参考文献220

10.4.2 下载新增引用文献格式221

10.4.3 修改参考文献引用格式221

10.4.4 CNKI数据导入224

本章小结228

思考题228

推荐阅读书目228

参考文献229