RNA-seq数据分析实用方法【2025|PDF|Epub|mobi|kindle电子书版本百度云盘下载】

RNA-seq数据分析实用方法PDF格式电子书版下载

注意：本站所有压缩包均有解压码： 点击下载压缩包解压工具

第1章 RNA-seq简介1

1.1引言1

1.2 RNA的分离3

1.3 RNA的质量控制3

1.4文库制备4

1.5主要的RNA-seq平台7

1.5.1 Illumina7

1.5.2 SOLID8

1.5.3 Roche 4548

1.5.4 Ion Torrent9

1.5.5 Pacific Biosciences9

1.5.6纳米孔技术10

1.6 RNA-seq的应用11

1.6.1蛋白质编码基因结构11

1.6.2新型蛋白质编码基因12

1.6.3基因表达的量化和比较13

1.6.4表达数量性状基因座14

1.6.5单细胞RNA-seq14

1.6.6融合基因15

1.6.7基因变异15

1.6.8长的非编码RNA16

1.6.9非编码小RNA16

1.6.10扩增产物测序（ampli-seq）16

1.7选择RNA-seq平台17

1.7.1选择RNA-seq平台和测序模式的8个原则17

1.7.2小结20

参考文献20

第2章 RNA-seq数据分析导论23

2.1引言23

2.2差异表达分析工作流程25

2.2.1第一步：读段的质量控制26

2.2.2第二步：读段的预处理26

2.2.3第三步：将读段比对到参考基因组26

2.2.4第四步：基因组引导的转录组组装27

2.2.5第五步：计算表达水平27

2.2.6第六步：比较不同条件之间的基因表达27

2.2.7第七步：在基因组的上下文中的数据可视化27

2.3下游分析28

2.3.1基因注释28

2.3.2基因集的富集分析29

2.4自动的工作流程和管线29

2.5硬件要求30

2.6仿效书中的示例30

2.6.1使用命令行工具和R31

2.6.2使用Chipster软件31

2.6.3示例数据集32

2.7小结33

参考文献34

第3章 质量控制和预处理35

3.1引言35

3.2质量控制和预处理的软件35

3.2.1 FastQC35

3.2.2 PRINSEQ36

3.2.3 Trimmomatic37

3.3读段质量问题37

3.3.1碱基质量37

3.3.2模糊的碱基44

3.3.3接头46

3.3.4读段长度47

3.3.5序列特异性偏差和由随机联体引物造成的不匹配47

3.3.6 GC含量48

3.3.7重复48

3.3.8序列污染50

3.3.9低复杂度序列和polyA尾巴50

3.4小结51

参考文献52

第4章 将读段比对到参考基因组54

4.1引言54

4.2比对程序54

4.2.1 Bowtie55

4.2.2 TopHat58

4.2.3 STAR62

4.3比对统计量和用于操作比对文件的程序65

4.4在基因组的上下文中可视化读段68

4.5小结69

参考文献70

第5章 转录组组装71

5.1引言71

5.2方法72

5.2.1转录组组装不同于基因组组装72

5.2.2转录本重建的复杂性73

5.2.3组装过程73

5.2.4 de Bruijn图75

5.2.5使用丰度信息75

5.3数据预处理76

5.3.1读段误差校正77

5.3.2 SEECER77

5.4基于作图的组装78

5.4.1 Cufflinks79

5.4.2 Scripture80

5.5 de novo组装81

5.5.1 Velvet＋Oases81

5.5.2 Trinity83

5.6小结87

参考文献88

第6章 定量和基于注释的质量控制90

6.1引言90

6.2基于注释的质量度量90

6.2.1基于注释的质量控制工具91

6.3基因表达的定量研究95

6.3.1计数每个基因的读段96

6.3.2计数每个转录本的读段99

6.3.3计数每个外显子的读段103

6.4小结104

参考文献105

第7章 R和Bioconductor中的RNA-seq分析框架106

7.1引言106

7.1.1安装R和扩展包106

7.1.2使用R107

7.2 Bioconductor包概述108

7.2.1软件包108

7.2.2注释包108

7.2.3试验包109

7.3 Bioconductor包的描述性特征109

7.3.1 R中的OOP特征109

7.4在R中表示基因和转录本111

7.5在R中表示基因组114

7.6在R中表示SNP116

7.7锻造新的注释包116

7.8小结118

参考文献118

第8章 差异表达分析119

8.1引言119

8.2技术重复与生物学重复119

8.3 RNA-seq数据中的统计分布120

8.3.1生物学重复、计数分布和软件的选择122

8.4归一化122

8.5软件用法示例124

8.5.1使用Cuffdiff124

8.5.2使用Bioconductor包：DESeq、edgeR、limma127

8.5.3线性模型、设计矩阵和对比矩阵127

8.5.4差异表达分析前的准备工作130

8.5.5 DESeq（2）的代码示例131

8.5.6可视化132

8.5.7供参考：其他Bioconductor包的代码例子136

8.5.8 limma137

8.5.9 SAMSeq（samr包）137

8.5.10 edgeR138

8.5.11多因素实验的DESeq2代码示例138

8.5.12供参考：edgeR代码示例141

8.5.13 limma代码示例141

8.6小结143

参考文献143

第9章 差异外显子用法分析146

9.1引言146

9.2准备DEXSeq的输入文件147

9.3将数据读入R148

9.4访问ExonCountSet对象149

9.5归一化和方差估计151

9.6检验差异外显子用法153

9.7可视化156

9.8小结160

参考文献160

第10章 注释结果161

10.1引言161

10.2检索附加注释161

10.2.1使用生物体专化的注释包检索基因的注释162

10.2.2使用BioMart检索基因的注释165

10.3使用注释进行基因集的本体论分析167

10.4基因集分析详述169

10.4.1使用GOstats包的竞争的方法170

10.4.2使用Globaltest包的自包含的方法172

10.4.3长度偏差校正方法173

10.5小结174

参考文献174

第11章 可视化176

11.1引言176

11.1.1图像文件类型176

11.1.2图像分辨率177

11.1.3颜色模型177

11.2 R中的图形177

11.2.1热图178

11.2.2火山图182

11.2.3 MA图184

11.2.4染色体组型图185

11.2.5基因和转录本结构的可视化187

11.3完成图189

11.4小结190

参考文献190

第12章 非编码小RNA192

12.1引言192

12.2 microRNA（miRNA）193

12.3微RNA并列RNA196

12.4 Piwi关联的RNA196

12.5内源沉默RNA197

12.6外源沉默RNA198

12.7转运RNA198

12.8核仁小RNA198

12.9小核RNA198

12.10增强子衍生RNA199

12.11其他非编码小RNA199

12.12用于发现非编码小RNA的测序方法200

12.12.1 miRNA-seq201

12.12.2 CLIP-seq203

12.12.3降解组测序205

12.12.4全局连缀测序205

12.13小结206

参考文献206

第13章 非编码小RNA测序数据的分析209

13.1引言209

13.2小RNA的发现——miRDeep2209

13.2.1 GFF文件210

13.2.2已知miRNA的FASTA文件211

13.2.3设置运行环境211

13.2.4运行miRDeep2213

13.3 miRanalyzer217

13.3.1运行miRanalyzer219

13.4 miRNA靶分析219

13.4.1计算的预测方法219

13.4.2人工智能方法221

13.4.3基于实验支持的方法222

13.5 miRNA-seq和mRNA-seq数据集成222

13.6小RNA数据库和资源223

13.6.1 miRBase中miRNA的RNA-seq读段223

13.6.2 miRNA的表达地图集225

13.6.3 CLIP-seq和降解组-seq数据的数据库226

13.6.4 miRNA和疾病的数据库226

13.6.5研究社区和资源的通用数据库227

13.6.6 miRNAblog227

13.7小结228

参考文献229