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第一章 遗传多样性研究概述1

第一节 遗传多样性来源及意义4

一、遗传重组4

二、突变4

三、表观遗传修饰5

第二节 植物遗传多样性研究的意义6

第三节 植物遗传多样性模式及水平8

一、繁育系统与种子散播方式9

二、分布区与地理区域12

三、系统发育、生活史、群落演替阶段13

第四节 谱系地理学在濒危植物遗传多样性中应用13

一、谱系地理学理论13

二、叶绿体非编码序列分子标记14

三、谱系地理学分析方法16

四、谱系地理学在珍稀植物遗传多样性中的应用16

参考文献17

第二章 植物遗传多样性数据产生及参数估算22

第一节 样本采集策略22

一、抽样基本理论23

二、简单随机抽样24

三、分层随机抽样25

四、系统抽样25

五、种群内采样26

六、种群间抽样27

第二节 遗传标记27

一、等位酶标记28

二、微卫星标记29

三、显性分子标记29

四、植物细胞器DNA标记29

第三节 遗传多样性丰富度30

一、多态位点百分比与等位基因数目30

二、基因多样性（杂合度）31

三、核苷酸多态性与核苷酸多样性33

四、显性数据33

五、单倍体基因组35

第四节 种群遗传分化36

一、F-统计量36

二、基因差异分化系数37

三、等位基因频率方差38

四、特殊情况下多基因位点遗传分化40

五、细胞器基因组41

六、分子方差分析41

第五节 遗传距离与基因流42

一、遗传距离42

二、基因流44

参考文献45

第三章 濒危植物小种群遗传进化47

第一节 小种群遗传基本理论48

一、遗传漂移48

二、小种群遗传多样性的维持机制50

第二节 生境碎片化濒危植物种群53

一、瓶颈效应53

二、奠基者效应55

三、近交56

四、杂交与种群合并56

第三节 濒危植物种群大小与种群遗传多样性58

一、生境异质与植物种群大小58

二、植物种群大小、遗传多样性与适应性59

第四节 最小存活种群63

参考文献64

第四章 水松遗传多样性研究68

第一节 水松研究进展68

第二节 基于ISSR标记的水松种群遗传多样性70

一、材料与方法70

二、结果与分析75

三、讨论81

第三节 基于叶绿体标记的水松遗传多样性84

一、材料与方法84

二、结果与分析86

三、讨论88

参考文献89

第五章 南方红豆杉遗传多样性研究93

第一节 南方红豆杉的研究概况93

第二节 南方红豆杉天然种群遗传多样性95

一、材料与方法95

二、结果与分析98

三、讨论103

第三节 南方红豆杉分子谱系地理学104

一、材料与方法104

二、结果与分析106

三、讨论112

参考文献113

第六章 观光木遗传多样性研究116

第一节 观光木研究概况116

第二节 观光木天然种群遗传多样性118

一、材料与方法118

二、结果与分析119

三、讨论123

第三节 观光木分子谱系地理学125

一、材料与方法125

二、结果与分析127

三、讨论133

第四节 观光木人工保育林遗传多样性评价134

一、材料与方法134

二、研究结果135

三、讨论138

参考文献140

第七章 伯乐树遗传多样性研究143

第一节 伯乐树研究进展143

第二节 伯乐树种群遗传多样性分析145

一、材料与方法145

二、结果与分析147

三、讨论152

第三节 伯乐树分子谱系地理学154

一、材料与方法154

二、结果与分析155

三、讨论160

第四节 伯乐树人工保育林遗传多样性评价161

一、材料与方法161

二、结果与分析162

三、讨论165

参考文献167

附录170