图书介绍

生物分子网络的构建和分析【2025|PDF|Epub|mobi|kindle电子书版本百度云盘下载】

刘曾荣，王瑞琦，杨凌等著著
出版社：北京：科学出版社
ISBN：9787030344489
出版时间：2012
标注页数：285页
文件大小：65MB
文件页数：297页
主题词：分子生物学－研究

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图书目录

绪论1

0.1 分子生物学简介1

0.1.1 DNA1

0.1.2 蛋白质2

0.1.3 从基因到蛋白质2

0.1.4 生物大分子在生命活动中的作用5

0.2 分子系统生物学研究的基本特征5

参考文献9

第1章复杂网络11

1.1 复杂系统研究的概况11

1.1.1 耗散结构理论11

1.1.2 协同论13

1.1.3 复杂系统中的自适应性17

1.1.4 非线性共性——混沌20

1.1.5 混沌控制、混沌同步与混沌边缘27

1.2 生物系统是复杂系统31

1.3 网络基础理论33

1.4 复杂系统建模——复杂网络37

1.5 生物网络特征的简介43

参考文献45

第2章化学反应动力学50

2.1 质量作用定律50

2.2 酶动力学（enzyme kinetics）51

2.2.1 Michaelis-Menten法则52

2.2.2 可逆的催化反应55

2.2.3 Hill公式56

2.2.4 Species-Reaction(SR)Graph简介57

参考文献58

第3章单调动力系统59

3.1 单调动力系统基础59

3.2 单调动力系统的动态与分解61

参考文献65

第4章基于生物数据的网络推导66

4.1 概述66

4.2 转录调控网络67

4.2.1 构建转录调控网络的常用数据68

4.2.2 转录调控网络重建70

4.3 转录后调控网络79

4.3.1 线性规划模型79

4.3.2 动力学模型82

4.3.3 分级网络模型84

4.4 转录调控网络模体85

4.5 常用生物网络分析和可视化软件87

4.5.1 CentiScaPe88

4.5.2 SNOW88

4.5.3 VisANT88

4.5.4 ChiBE89

4.5.5 Cytoscape89

4.5.6 Pajek89

4.5.7 FANMOD89

4.5.8 POINeT89

4.5.9 Osprey90

4.5.10 BioLayout Express3D90

4.6 小结90

参考文献90

第5章由进化论构建网络的方法94

5.1 用DD方法研究生物网络的度负关联性94

5.1.1 随机复制模型95

5.1.2 偏爱复制模型96

5.1.3 节点删除变异模型98

5.1.4 删边变异模型100

5.1.5 加边变异模型102

5.1.6 重组边变异模型104

5.2 DD方法构建具有综合生物网络特征的模型106

5.2.1 第一种方案107

5.2.2 第二种方案109

5.2.3 第三种方案110

5.2.4 第四种方案111

5.2.5 新的混合DD模型115

5.3 用DD方法构建平均场意义下的生物网络116

参考文献129

第6章基于生物分子网络的知识发现133

6.1 网络模体133

6.1.1 转录调控网络中的网络模体133

6.1.2 转录后调控网络中的网络模体137

6.1.3 蛋白质相互作用网络中的模体和模块141

6.2 生物网络中的分层结构143

6.3 基于生物网络的知识挖掘148

6.3.1 人类疾病网络148

6.3.2 药物-靶蛋白网络153

6.3.3 小结156

参考文献156

第7章细胞信号转导通路：建模和识别158

7.1 细胞信号转导158

7.2 信号转导网络建模161

7.2.1 微分方程模型162

7.2.2 Petri网络模型164

7.2.3 布尔网络165

7.3 基于蛋白质相互作用网络的信号通路识别166

7.3.1 统计方法166

7.3.2 概率图模型168

7.3.3 优化方法170

7.4 信号途径的应用186

7.5 总结188

参考文献188

第8章具有典型动力学性质的生物分子网络介绍193

8.1 具有平凡动力学特征的网络193

8.2 具有开关效应的网络195

8.2.1 单基因双稳系统196

8.2.2 双基因双稳系统197

8.2.3 高维生物系统中的多稳态200

8.2.4 更多平衡点的多稳态系统201

8.3 具有振荡效应的网络203

8.4 具有可激发性质的网络206

参考文献210

第9章生物分子网络中的调控现象213

9.1 基因表达调控213

9.2 小RNA调控217

9.3 积分控制225

9.4 单调控制系统226

参考文献228

第10章一些生命现象的网络分析例子232

10.1 细胞周期232

10.1.1 一类简单的通用模型233

10.1.2 一些常见的模型240

10.2 酵母细胞周期网络的离散和连续模型240

10.3 酵母细胞周期网络的随机模型244

10.4 生物节律249

10.4.1 果蝇的生物钟249

10.4.2 蓝藻生物钟252

10.4.3 哺乳动物生物钟253

10.5 哺乳动物节律的网络模型258

10.6 细胞通信和细胞同步行为研究268

10.7 适应性模型273

参考文献281