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第一篇 绪论1

第1章 分子生物学导论1

1.1 分子生物学概述1

1.2 分子生物学简史2

1.3 分子生物学的现状与展望6

1.4 分子生物学在环境微生物研究中的应用8

第2章 环境样品核酸的提取11

2.1 环境样品DNA的提取11

2.2 环境样品RNA的提取16

第二篇 环境组学25

第3章 环境微生物基因组学25

3.1 宏基因组学定义26

3.2 宏基因组学的研究策略27

3.3 宏基因组学与相关学科的联系36

3.4 宏基因组学的应用及研究现状36

3.5 宏基因组学面临的挑战与发展前景40

第4章 环境微生物蛋白质组学42

4.1 宏蛋白质组的研究策略42

4.2 宏蛋白质组学的应用48

4.3 宏蛋白质组学研究展望50

第5章 环境微生物转录组学53

5.1 转录组与转录组学53

5.2 转录组的研究方法54

5.3 转录组的应用59

5.4 展望60

第6章 环境微生物代谢组学61

6.1 代谢组概述61

6.2 微生物代谢组学研究流程63

6.3 代谢组学在微生物领域的研究进展74

6.4 展望77

第三篇 环境分子生物学技术78

第7章 PCR技术78

7.1 PCR实验室的建立78

7.2 PCR反应的基本原理80

7.3 定量PCR93

第8章 分子标记技术99

8.1 分子标记技术概述99

8.2 限制性片段长度多态性（RFLP）101

8.3 随机扩增多态性（RAPD）109

8.4 扩增的限制性片段长度多态性（AFLP）114

8.5 扩增性限制性酶切片段分析（ARDRA）119

8.6 AP-PCR指纹图谱121

8.7 变性梯度凝胶电泳技术（DGGE）124

8.8 SSCP技术131

8.9 其他分子标记技术137

第9章 荧光原位杂交技术141

9.1 荧光原位杂交的基本原理141

9.2 FISH技术的主要步骤及操作要点144

9.3 FISH探针和标记技术147

9.4 常用的FISH技术148

第10章 基因差异表达研究技术153

10.1 差别杂交与扣除杂交153

10.2 mRNA差异显示技术156

10.3 代表性差异分析技术159

10.4 抑制性扣除杂交技术160

第11章 生物芯片技术163

11.1 生物芯片的分类163

11.2 生物芯片的制作166

11.3 生物芯片的检测170

11.4 生物芯片在环境分析中的应用172

第四篇 环境分子生物学技术的应用174

第12章 环境分子生物学技术的应用174

12.1 PCR技术在环境微生物研究中的应用174

12.2 原位生物修复微生物群体的PCR-DGGE分析176

12.3 PCR-SSCP技术在环境微生物领域的应用193

12.4 肽核酸探针技术的应用197

12.5 16S rRNA序列分析技术的应用204

12.6 FISH技术在环境微生物研究中的应用207

12.7 生物芯片技术的应用215

12.8 mRNA差异显示技术219

12.9 Biolog技术在环境微生物研究中的应用221

第五篇 现代分析仪器226

第13章 现代分析仪器的应用226

13.1 仪器分析发展现状及特点226

13.2 仪器分析技术的基础地位227

13.3 仪器分析法的特点227

13.4 现代生命科学分析仪器228

参考文献241