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绪论1

生物资讯学的研究内容2

生物资讯分析的技术与方法研究6

第一章 Internet基础与生物医学文献检索9

第一节 Internet基础9

第二节 Internet网上生物医学文献检索17

一、PubMed17

二、Gateway28

三、其他主要免费MEDLINE网站36

第二章 Internet网上生物资讯学资源39

第一节 生物资讯学重要网站39

第二节 生物分子序列核心资料库44

第三章 序列比对和资料库搜索61

概述61

第一节 序列比对和资料库搜索62

第二节 BLAST程式简介63

一、BLAST搜索主介面64

二、BLAST程式及其资料库名称和意义65

三、BLAST搜索格式：BLAST搜索框中允许三种输入格式66

第三节 同源性分析68

一、待检核酸序列与整个核酸序列库中的序列进行对比68

二、核酸序列的两两比较69

三、蛋白质与蛋白质资料库或蛋白质两两比较69

四、输出结果的解释69

第四节 PSI-BLAST程式简介72

第五节 多序列比较72

第六节 低复杂度区域73

第七节 重复元件74

第四章 多序列比较的实际应用77

第一节 渐进比较方法78

第二节 基序比较83

第五章 利用核酸序列的预测方法87

第一节 简介88

第二节 遮蔽重复序列90

第三节 DNA翻译93

第四节 资料库搜索95

第五节 探测DNA中的功能性位点95

第六节 复合基因分析程式100

第七节 搜寻tRNA基因108

第六章 利用蛋白质序列进行预测的方法113

第一节 概述113

第二节 蛋白质辨识115

第三节 对序列的物理性质进行计算119

第四节 二级结构和折叠类型121

第五节 特殊结构或特征结构128

第六节 三级结构的预测134

第七章 系统发育分析与分子进化139

第一节 分子演化钟与中性理论139

第二节 进化树141

一、序列进化树142

第三节 结构进化树144

第四节 相关软体介绍145

第八章 医学生物资讯学应用导航157

第一节 在网上获得更多的序列资讯157

一、在资料库中查询序列资讯157

二、序列的同源性搜索158

三、蛋白家族相关性探索158

四、让internet为你工作159

五、从序列到结构159

第二节 实用生物资讯学软体介绍160

一、实验准备阶段160

二、实验实施阶段165

三、实验结果输出阶段200

第九章 基因组序列资讯分析203

第一节 物理图谱的类型204

第二节 大型公用资料库中的基因组图谱205

第三节 鼠类图谱来源220

第四节 基因组序列分析工具221

第五节 人类和鼠类公共物理图谱资料库的使用225

第六节 功能基因组相关资讯分析225

第十章 上传基因序列到资料库235

第一节 上传到哪儿236

第二节 上传什么内容236

第三节 如何上传到网际网路239

第四节 如何用Sequin上传242

第五节 基因组中心256

第六节 更新257

第七节 结论性的评价258

第十一章 生物资讯学与基因晶片261

第一节 概述261

一、基因晶片简介261

二、基因晶片对于生物分子资讯检测的作用和意义267

三、基因晶片研究和应用中所涉及到的生物资讯学问题268

第二节 基因晶片设计270

第三节 基于晶片的序列分析274

第四节 基于晶片的基因功能分析278

第五节 基因晶片检测结果的分析280

第六节 基因晶片资讯的管理和利用281

附录1：各种序列分析应用网上资源287

附录2：分子生物学软体293