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第0章 引言1

0.1分子生物学2

0.2数学，统计和计算机科学3

第1章 分子生物学一些知识5

1.1 DNA和蛋白5

1.1.1双螺旋结构6

1.2中心定理7

1.3遗传密码8

1.4转化RNA和蛋白序列12

1.5基因不简单14

1.5.1开始与停止14

1.5.2基因表达的控制15

1.5.3割裂基因15

1.5.4跳跃基因16

1.6生物化学16

问题23

第2章 限制图谱25

2.1引言25

2.2图27

2.3区间图28

2.4片段大小的度量32

问题34

第3章 多重图谱35

3.1双消化问题36

3.1.1双消化问题的多重解37

3.2多重解分类40

3.2.1反射性41

3.2.2重叠等价41

3.2.3重叠尺寸等价43

3.2.4更多的图论知识44

3.2.5从一条路到另一条路45

3.2.6限制图谱及边界块图47

3.2.7限制图谱的盒变换49

3.2.8一个例子51

问题52

第4章 求解DDP的算法54

4.1算法和复杂性54

4.2 DDP是NP完全的55

4.3解DDP的方法56

4.3.1整数规划56

4.3.2划分问题57

4.3.3 TSP58

4.4模拟退火法：TSP和DDP58

4.4.1模拟退火法58

4.4.2 TSP62

4.4.3 DDP63

4.4.4环状图谱65

4.5用真实数据作图65

4.5.1使数据符合图66

4.5.2图谱算法67

问题67

第5章 克隆与克隆文库69

5.1有限的随机克隆数70

5.2完全消化的文库71

5.3部分消化的文库73

5.3.1可克隆基的组分73

5.3.2采样、方法176

5.3.3设计部分消化文库77

5.3.4 Poisson近似77

5.3.5获得所有片段78

5.3.6最大表达度80

5.4每个微生物中的基因组81

问题81

第6章 物理基因组图谱：海洋、岛屿和锚83

6.1用指纹制作图谱84

6.1.1海洋和岛屿84

6.1.2 分小与控制90

6.1.3两个先驱实验91

6.1.4啤酒酵母91

6.1.5大肠杆菌92

6.1.6计算指纹模式93

6.2 用锚制作图谱97

6.2.1海洋、岛和锚97

6.2.2克隆与锚的对偶性102

6.3克隆重叠的概述104

6.4综合106

问题109

第7章 序列装配111

7.1鸟枪测序法111

7.1.1 SSP是 NP完全的112

7.1.2贪婪算法的解至多是4倍最优解113

7.1.3实践中的装配118

7.1.4 序列精度119

7.1.5预期的进展121

7.2用杂交法测序122

7.2.1其他SBH设计127

7.3重访鸟枪测序法129

问题131

第8章 数据库和快速序列装配133

8.1 DNA和蛋白序列数据库134

8.1.1序列数据库文件中条款的描述134

8.1.2简单序列数据文件135

8.1.3统计小结137

8.2序列的树表现138

8.3序列的切细139

8.3.1切细表139

8.3.2用线性时间切细140

8.3.3切细和链接141

8.4序列中的重复141

8.5用切细进行序列比较142

8.6至多有l个失配的序列比较146

8.7用统计量进行序列比较149

问题150

第9章 动态规划、两个序列比对151

9.1比对的个数153

9.2网络中最短和最长路157

9.3全局距离比对159

9.3.1插入删除函数161

9.3.2依赖距离的权重163

9.4全局相似比对164

9.5将一个序列吻合另一个序列166

9.6局部比对和丛168

9.6.1自身比较172

9.6.2衔接重复172

9.7线性空间算法174

9.8回溯176

9.9倒位179

9.10图谱比对183

9.11参数序列比较186

9.11.1一维参数集合188

9.11.2进入二维190

问题192

第10章 多重序列比对195

10.1囊性纤维化基因195

10.2 r维的动态规划197

10.2.1减小容积198

10.3加权平均序列199

10.3.1比对的比对202

10.3.2序列的重心202

10.4轮廓分析203

10.4.1统计意义204

10.5通过隐Markov模型比对205

10.6一致词分析207

10.6.1词分析208

10.6.2一致比对209

10.6.3更复杂的打分210

问题210

第11章 序列比对用到的概率和统计212

11.1全局比对212

11.1.1给定的比对213

11.1.2 未知比对213

11.1.3比对打分的线性增长214

11.1.4 Azuma-Hoeffding引理215

11.1.5对平均值的大偏差216

11.1.6关于二项式分布的大偏差218

11.2局部比对220

11.2.1大数定律220

11.3极值分布230

11.4 Poisson近似的Chen-Stein方法232

11.5 Poisson近似和长匹配234

11.5.1连续正面的投币234

11.5.2序列间的准确匹配236

11.5.3近似匹配241

11.6带有打分的序列比对245

11.6.1相位转移246

11.6.2实用的p值249

问题251

第12章 有关序列模式的概率与统计254

12.1中心极限定理255

12.1.1广义词261

12.1.2估计概率261

12.2非重叠模式统计262

12.2.1一个模式的更新理论262

12.2.2 Li方法与多重模式265

12.3 Poisson近似267

12.4位点分布270

12.4.1内部位点距离270

问题271

第13章 RNA二级结构273

13.1组合数学274

13.1.1计算更多的形状277

13.2最小自由能结构279

13.2.1减少发卡计算时间281

13.2.2线性不稳定函数282

13.2.3多分支环283

13.3一致折叠284

问题286

第14章 树和序列287

14.1树287

14.1.1分裂288

14.1.2树的度量292

14.2距离294

14.2.1可加树294

14.2.2 超度量树298

14.2.3非可加距离299

14.3简约算法301

14.4极大似然树307

14.4.1连续时间Markov链307

14.4.2估计变化率309

14.4.3似然性与树311

问题314

第15章 来源与展望316

15.1分子生物学316

15.2物理图谱和克隆文库316

15.3序列装配317

15.4序列比较318

15.4.1数据库和快速序列分析318

15.4.2对两个序列的动态规划方法319

15.4.3多重序列比对320

15.5概率和统计320

15.5.1序列比对321

15.5.2序列模式322

15.6 RNA二级结构322

15.7树和序列323

参考文献324

附录 问题解答和提示335

索引352