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1.单链RNA噬菌体1

1.1 RNA噬菌体的分类1

1.1.1 RNA大肠杆菌噬菌体1

1.1.2 其他属的RNA噬菌体3

1.2 病毒子的结构4

1.3 噬菌体RNA的复制5

1.4 基因表达6

1.4.1 成熟蛋白6

1.4.2 复制酶(亚单位Ⅱ)8

1.4.3 外壳蛋白11

1.4.4 A类群噬菌体的裂解蛋白13

1.4.5 B类群噬菌体的裂解蛋白15

1.5 装配16

1.6 RNA噬菌体之间的序列比较17

1.6.1 氨基酸序列比较18

1.6.2 保守的RNA二级结构23

参考文献25

2.双链RNA噬菌体Φ628

2.1 病毒颗粒的结构28

2.2 基因组结构29

2.3 生活循环31

2.4 Φ6噬菌体的进入32

2.5 Φ6 RNA的转录和复制33

2.6 Φ6 RNA的包装34

2.7 Φ6膜的装配36

参考文献37

3.ΦX174噬菌体40

3.1 ΦX174噬菌体的结构40

3.2 ΦX174噬菌体的基因和特性43

3.3 ΦX174的生活循环45

3.4 噬菌体感染45

3.4.1 附着46

3.4.2 隐蔽反应47

3.4.3 DNA穿入48

3.5 ΦX174基因组转录48

3.6 ΦX174噬菌体DNA复制50

3.6.1 第一阶段(SS→RF)50

3.6.2 第二阶段(RF→RF)54

3.6.3 第三阶段(RF→SS)57

3.6.4 从第二阶段向第三阶段复制转换的机制60

3.7 ΦX174噬菌体的装配61

3.7.1 衣壳的装配61

3.7.2 DNA链的包装63

参考文献64

4.丝状噬菌体67

4.1 基因和蛋白质67

4.1.1 DNA复制蛋白69

4.1.2 衣壳蛋白71

4.1.3 装配蛋白72

4.2 病毒体结构73

4.3 感染过程74

4.4 DNA复制76

4.5 转录和翻译78

4.6 装配过程80

4.6.1 起始81

4.6.2 延伸81

4.6.3 终止82

4.7 丝状噬菌体的应用82

4.7.1 丝状噬菌体载体82

4.7.2 噬菌质粒、带有丝状噬菌体复制起点的质粒84

4.7.3 噬菌体展示载体87

参考文献91

5.T7噬菌体95

5.1 T7基因组的结构95

5.1.1 T7基因的构造95

5.1.2 T7 DNA末端和多联体接头97

5.2 T7 DNA注入宿主细胞98

5.3 T7 DNA的转录99

5.3.1 大肠杆菌和T7 RNA聚合酶的启动子99

5.3.2 转录起始99

5.3.3 转录终止102

5.3.4 T7溶菌酶的转录抑制机制104

5.3.5 RNase Ⅲ切割位点105

5.4 T7 DNA的复制106

5.4.1 T7 DNA复制必需的蛋白质107

5.4.2 复制原点109

5.4.3 先导链和后随链在T7复制叉合成110

5.5 T7的装配113

参考文献114

6.1 T4噬菌体的结构特征120

6.T4噬菌体120

6.2 T4噬菌体基因组及遗传学图121

6.3 T4噬菌体的生活循环124

6.4 噬菌体对宿主细胞的感染-吸附与穿入125

6.5 T4噬菌体的转录126

6.5.1 早期基因127

6.5.2 中期基因127

6.5.3 晚期基因129

6.6 T4噬菌体复制和重组130

6.6.1 复制原点130

6.6.2 DNA复制基因和蛋白质131

6.6.3 T4重组基因和蛋白质134

6.7 DNA包装139

6.8 T4噬菌体颗粒的包装140

6.8.1 头部结构和装配141

6.8.2 尾部结构和装配142

参考文献144

7.Φ29噬菌体149

7.1 病毒颗粒的结构149

7.2 基因组结构150

7.3 Φ29发育的一般特征152

7.4 Φ29基因组的转录152

7.4.1 基因转录调控152

7.4.2 Φ29 DNA的转录152

7.5 Φ29 DNA的复制154

7.5.3 Φ29末端蛋白中的功能区155

7.5.2 体外复制155

7.5.1 Φ29 DNA的体内复制155

7.5.4 Φ29 DNA的转染和原核生物及真核生物DNA聚合酶的同源性156

7.5.5 复制过程所需的其他病毒蛋白156

7.5.6 非模板链的复制157

7.5.7 Φ29 DNA复制起点158

7.5.8 DNA-膜复合体159

7.6 Φ29 DNA的包装160

7.7 Φ29的装配163

7.7.1 等轴颗粒164

7.7.2 长球形头部165

7.7.3 颈/尾组装166

7.7.4 DNA包装与释放166

参考文献167

8.PRD1噬菌体170

8.1 病毒颗粒的结构170

8.2 DNA基因组和遗传系统171

8.3 PRD1生活循环173

8.4 InP-质粒编码的受体和DNA穿入174

8.5 PRD1的转录175

8.6 PRD1噬菌体DNA的复制176

8.6.1 DNA复制机制176

8.6.2 DNA复制所需的蛋白质176

8.6.3 体外复制178

8.6.4 DNA结合蛋白179

8.6.5 反向末端重复序列180

8.7.2 DNA包装181

8.7.1 颗粒的装配181

8.7 PRD1的装配181

参考文献182

9.λ噬菌体184

9.1 λ噬菌体的基本特征和病毒子结构184

9.2 λ噬菌体基因组结构的特点185

9.3 λ噬菌体基因的转录与调控187

9.3.1 λ噬菌体的转录187

9.3.2 N介导的抗终止188

9.3.3 λN基因表达的调控191

9.3.4 Q介导的抗终止191

9.4 λDNA的复制193

9.5.1 λ噬菌体DNA的整合和切离——位点特异性重组195

9.5 溶原性建立的遗传控制195

9.5.2 溶原性维持的遗传控制199

9.5.3 阻遏蛋白的合成205

9.6 裂解循环的遗传控制208

9.7 病毒DNA的包装211

9.7.1 λDNA包装系统中的DNA位点和蛋白质组分212

9.7.2 λDNA的包装途径214

9.8 λ噬菌体载体218

9.8.1 λ噬菌体载体的构建218

9.8.2 含有10到20kb DNA片段的λ载体219

9.8.3 含有0到10kb DNA(cDNA)的λ载体221

9.9 黏粒(cosmid)223

参考文献223

10.2 Mu DNA的物理和遗传结构229

10.Mu噬菌体229

10.1 病毒子形态学229

10.2.1 α区230

10.2.2 G片段230

10.2.3 β区231

10.3 生活循环231

10.3.1 感染/整合231

10.3.2 裂解-溶原的决定232

10.4 Mu发育的调节233

10.4.1 早期转录233

10.4.2 中期转录234

10.4.3 晚期转录235

10.4.4 mom基因235

10.5 转座机制237

10.5.1 转座蛋白及其在转座中的作用239

10.5.2 金属离子的作用240

10.5.3 IAS，HU和IHF的作用240

10.6 转座复制241

10.7 G倒位243

10.7.1 G倒位和宿主范围243

10.7.2 G倒位的机制244

10.8 其他转座噬菌体245

10.8.1 D108245

10.8.2 假单胞菌转座噬菌体246

10.8.3 孤菌转座噬菌体247

10.9 Mu的遗传应用247

参考文献248

11.P22噬菌体253

11.1 序言253

11.1.1 P22噬菌体和相关噬菌体的比较研究253

11.1.2 P22噬菌体形态发生的研究254

11.1.3 P22噬菌体装配机理的研究255

11.2 生命周期257

11.2.1 裂解生长257

11.2.2 溶原性259

11.2.3 遗传的可塑性260

11.3 基因的结构和功能261

11.3.1 位点特异性重组系统263

11.3.2 同源重组系统264

11.3.3 其他PL操纵子基因266

11.3.4 早期转录调节267

11.3.5 阻遏物和它的控制267

11.3.6 cro270

11.3.7 cI270

11.3.8 DNA复制基因271

11.3.9 后期转录的调节272

11.3.10 裂解基因272

11.3.11 DNA包装起始位点(pac)273

11.3.12 头部基因273

11.3.13 免疫I基因273

11.3.14 尾部基因275

参考文献275

附录 已测定核苷酸全序列的一些噬菌体278