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第1章 基因组学概述1

1.1基因组学的定义和分类1

1.2基因组学的历史回顾和挑战5

1.3基因组学的研究范围和方法11

1.4微生物功能基因组学的重要性15

第2章 基因功能预测的计算方法17

2.1基因功能推断的方法17

2.2从基因序列到功能20

2.3以结构为基础的功能预测25

2.4在系统水平上的功能推断28

2.5非同源的方法进行功能推断29

第3章 微阵列基因表达谱数据分析31

3.1微阵列基因表达数据的归一化31

3.2微阵列基因表达谱结果分析35

3.3共表达基因的识别37

3.4差异表达基因的识别42

3.5基因表达数据分析在途径推理中的应用45

第4章 病原细菌的生物危害及其耐药性47

4.1病原细菌与细菌性疾病47

4.2病原细菌的生物危害及防护对策53

4.3细菌的分泌系统58

4.4病原细菌的耐药性70

4.5抗菌药物的分类及作用机制74

第5章 研究细菌致病机制的动物模型77

5.1哺乳动物感染模型77

5.2非哺乳类脊椎动物感染模型：斑马鱼82

5.3无脊椎动物感染模型：秀丽隐杆线虫和其他线虫85

5.4昆虫感染模型89

5.5植物感染模型93

5.6细胞感染模型95

第6章 病原细菌致病基因组研究策略99

6.1病原细菌基因组研究进展99

6.2病原细菌比较基因组学研究策略102

6.3功能基因组学研究策略104

6.4细菌致病有关的基因决定簇108

第7章 研究病原细菌基因功能的新方法116

7.1体内表达技术及其应用116

7.2重组工程及其在细菌遗传学中的应用126

7.3蛋白质组学在研究病原微生物基因功能中的应用136

第8章 细菌入侵细胞的主要机制146

8.1细菌进入宿主细胞的机制146

8.2细菌在细胞质中的作用机制151

8.3细菌在囊泡中的作用机制155

第9章 细菌对宿主防御系统的免疫逃避机制161

9.1细菌对宿主营养物质的利用：以铜绿假单胞菌的研究为例161

9.2细菌逃避补体系统168

9.3细菌对抗菌肽的抗性178

9.4细菌诱导宿主细胞死亡183

参考文献208